规章制度
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（1）组织机构
主要由生态站办公室、学术委员会和咨询委员会、监督委员会、用户委员会4个机构组成。办公室是平台运行服务的管理和协调机构，学术委员会和咨询委员会是本平台的决策、咨询机构，监督委员会是本平台的监督机构，用户委员会是用户接待和服务要求回复的服务机构。
生态站办公室根据上级部署，制定年度工作计划，征询咨询委员意见并提请学术委员会审定。用户委员会将用户需求及时提交给咨询委员，将处理结果及时反馈给用户。监督委员会跟踪用户委员会服务全过程，监督其服务用户的质量和时效。各部门既团结协作，又独立运行，明确了其任务，落实了其责任，确保了平台运行着眼全局，服务个体。
（2）制度与机制
为规范生态站管理，制定了生态站运行制度、学术委员会章程、开放基金管理办法、论文发表及署名管理办法、绩效评估考核管理办法、仪器设备管理办法、成果、专利等知识产权管理办法、科研项目管理办法等制度，确保各项工作有章可循。